Am 15. Januar 1909 wurde Jean in Köln geboren, wo sein Vater Ettore als Leiter der Produktionsabteilung der Gasmotoren-Fabrik Deutz AG beschäftigt war. Während Jeans voller Name Gianoberto Carlo Rembrandt Ettore Bugatti den italienischen Wurzeln seiner Familie folgt, war sein Rufname in seiner französischen Heimat Jean. Im Herbst des Geburtsjahres zog die noch kleine Familie Ettore Bugattis nach Molsheim. In der elsässischen Kleinstadt öffnete Ettore die Tore seines eigenen Unternehmens in einer stillgelegten Färberei, bevor er am 1. Januar 1910 offiziell den Mietvertrag für seine Produktionsstätte in Molsheim unterschrieb.

Von Kindesbeinen an war Jean äußerst interessiert am Geschäftsleben seines Vaters und er verbrachte den Großteil seiner Freizeit bei den Arbeitern in der Produktion. Als Jugendlicher zeigte er bereits ein großes Talent und Geschick in den verschiedenen Handwerken und übernahm immer mehr Kompetenzen. In den späten 1920er Jahren war Jean Bugatti aus dem Unternehmen nicht mehr wegzudenken, 1936 übernahm er dann im Alter von 27 Jahren die Geschäftsführung von seinem Vater.

Bekanntheit erlangte Jean aber vor allem für das Design einiger der renommiertesten Modelle der Marke. Er ergänzte die Ingenieurskunst seines Vaters ums Design, und zusammen erhoben sie Bugatti zu einem der bedeutenden Namen der Automobilindustrie. Der revolutionäre und legendäre Type 57 SC Atlanlante war Jean Bugattis ikonischste Schöpfung mit fließenden Coupé-Linien und einer einzigartigen vernieteten Finne sowie einem signifikant kleinerem Bodenabstand. Er gilt als eines der weltweit exklusivsten und beeindruckenden Sport Coupés. Bei nur vier jemals gebauten und nur zwei noch im Originalzustand verbleibenden Atlantic, ist es eines der teuersten Klassikautomobile.

Der zweite der vier gebauten Atlanlante war das 1936 Bugatti Type 57SC - Aéro Coupé, ein Auto, das als “La voiture noire” in die Automobilgeschichte eingehen würde. Durch das elegante Design wurde es zunächst für Unternehmens-Broschüren und für diverse Automobilausstellungen im heimischen Frankreich genutzt. Es soll niemals einen registrierten Besitzer gehabt haben, wurde aber von seinem Schöpfer Jean Bugatti als privates Auto genutzt. Lediglich seinen Rennfahrerfreunden wie William Grover-Williams oder dessen Frau erlaubte er ebenfalls die Nutzung. Die letzte gesicherte Nennung des Fahrzeugs war auf einer Inventarliste des Zuges, mit dem Ettore Bugatti auf der Flucht aus dem besetzten Teil Frankreichs seine wertvollsten Besitztümer nach Bordeaux schickte.

Was mit „La voiture noire“ nach der Beladung des Zuges passierte, ist Gegenstand von Legenden. Die gängigste Theorie besagt, dass die Nazis in den Besitz des Automobils kamen und es gegen Ende des 2. Weltkrieges in den letzten, verzweifelten Kriegsbemühungen demontierten um die Aluminium Komponenten zu nutzen.